Mi idea es poder brindar una pequeña guía para ayudar a decidir si conviene más una o la otra basándome en que depende de la necesidad de cada usuario.
Empecemos con POP – (Post Office Protocol) Protocolo de Correo (en éste caso Electrónico) –
La configuración de una cuenta POP3 o POP (el número que se le agrega a veces es entendido por las diferentes versiones de POP1, 2 y el actual 3, pero comprendemos hoy día como POP a su última versión POP3) está pensada para el usuario que desea descargar toda la información del servidor donde se encuentran sus mensajes (Host) a un ordenador o PC en particular.
- Esto quiere decir, que a través de acceso remoto, el usuario descarga tanto cuerpo de información, carpetas, imágenes y adjuntos hacia su ordenador.
Esto habilita a la opción de poder ELIMINAR del servidor los mensajes una vez descargados como ven en la imagen más abajo, lo cual es una ventaja para liberar el espacio ocupado en el buzón y no correr el riesgo de que se llene, aunque más que nada para cuentas de servidores particulares, no es el caso de GMAIL que es un disparate el almacenamiento, es medio difícil que se queden sin espacio ahí, aunque no imposible.

Esto habilita a la opción de poder ELIMINAR del servidor los mensajes una vez descargados como ven en la imagen más abajo, lo cual es una ventaja para liberar el espacio ocupado en el buzón y no correr el riesgo de que se llene, aunque más que nada para cuentas de servidores particulares, no es el caso de GMAIL que es un disparate el almacenamiento, es medio difícil que se queden sin espacio ahí, aunque no imposible.

Para una cuenta de GMAIL – habilitar esta opción manualmente es sencillo:
Ingrese a su cuenta de correo en http://www.gmail.com/
Haga click en [Configuración] -

Ingrese a su cuenta de correo en http://www.gmail.com/
Haga click en [Configuración] -

Luego Habilite la opción "Habilitar POP para todos los mensajes.."

Lo siguiente es terminar la configuración en Thunderbird.

Lo siguiente es terminar la configuración en Thunderbird.
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IMAP(Internet Message Access Protocol) Protocolo de Acceso a Mensajes de Internet.
La configuración de cuenta IMAP4 es lo contrario a POP en el sentido de que está pensada en primer lugar para facilitar la lectura de mensajes en conexiones lentas, dejando carpetas e imágenes en el Host (en el servidor) y descargando las “cabeceras” del correo (un archivo liviano que contiene la información del mensaje) también llamadas “Headers”.
Este tipo de cuenta lo utilizan por lo general usuarios que leen su correo desde varios ordenadores, ya que los mensajes como bien dijimos se hospedan en el host, y una seña particular en Thunderbird es que dependiendo de qué tipo de cuenta creen tendrán una diferencia en “Configuración del Servidor”.
Se deshabilitara la opción “Dejar mensajes en Servidor” (ya que en realidad siempre van a hospedarse en él, y el borrado de buzón en una configuración IMAP debe ser manual o bien programadas en el caso de algunos servidores. Thunderbird "Configuración de Servidor" cambiara a esta apariencia:


Hay que tener en cuenta que para poder visualizar nuestro correo completo en demanda sin conexión a internet lo mejor es una configuración POP.
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En cuanto a seguridad, IMAP lleva la ventaja, pero solo en el sentido de que no descarga el mensaje por completo ni adjuntos, por lo que si existe la posibilidad de contener un archivo malicioso en nuestros mensajes la configuración de POP la descargará sin poder pre visualizar el archivo, IMAP no llegará a hacerlo, pero para esto antes el correo pasa por la seguridad del servidor en caso de GMAIL y de nuestro antivirus. (Por eso SIEMPRE es recomendable tener un antivirus ejecutándose en segundo plano con análisis huerístico en tiempo real)
Por último la configuración SMTP (Simple Mail Transfer Protocol) Protocolo Simple de Transferencia de Correo –
Al igual que POP e IMAP, SMTP es un protocolo, pero éste se encarga del “envío” de sus mensajes. Por lo que cuando envía un mensaje de correo electrónico a uno o varios usuarios está utilizando estas reglas siendo un estándar oficial de internet, que en el futuro puede ser reemplazado por IM2000 (Internet Mail 2000) como un protocolo que intenta reducir el SPAM.
La configuración SMTP en GMAIL tiende a ser sencilla de ejecutar, y con la elección de configurar una cuenta de GMAIL en Thunderbird los pasos son casi automáticos siendo el servidor de salida smtp.gmail.com.
Ojala sirva de ayuda a la hora de configurar una cuenta y que por lo menos como dije al principio, "le saquen el jugo" a las diferentes posibilidades que tenemos a la hora de hacerlo.
Un cordial saludo;