La copia del perfil es por simple y rigurosa seguridad, el desinstalar el programa no borra el perfil (que siempre se ha de hacer ex profeso y "a mano"), y si la nueva versión al ejecutarse por 1ª vez encuentra un perfil no crea uno nuevo.
La versión 1.5 de firefox, además, tiene la ventaja de que al ejecutarse por 1ª vez examina las extensiones y temas del perfil, y los que no encuentra compatibles y sin actualización los deshabilita.
En las anteriores, por ejemplo del paso de FF 0.9 a 1.0, no se tenía esa función, con lo que si había extensiones o temas no compatibles (que es lo habital al cambio de cada versión, pues las extensiones y los temas siguen a esta y no al revés) podía resultyar el perfil dañado o semiestropeado, por eso era conveniente hacer copias del perfil antes de actualizar entonces, o borrar las extensiones y temas antes del cambio.
Que disfrutes tu Firefox.